MEncoder kann aus Dateien oder direkt von einer DVD- oder VCD-Disk encodieren. Schließe einfach den Dateinamen in der Befehlszeile mit ein, um von einer Datei zu ecodieren, oder dvd://Titelnummer bzw. vcd://Tracknummer zum Ecodieren von einem DVD-Titel oder VCD-Track. Wenn du bereits einmal eine DVD auf deine Festplatte kopiert hast (du kannst ein Tool wie etwa dvdbackup verwenden, auf den meisten Systemen verfügbar) und von der Kopie encodieren willst, solltest du nach wie vor die Syntax dvd:// benutzen, zusammen mit -dvd-device gefolgt vom Pfad zur kopierten DVD-Root. Die Optionen -dvd-device und -cdrom-device können auch dazu genutzt werden, die Pfade zu den Geräte-Nodes zu überschreiben, um direkt von der Disk zu lesen, falls die Standardoptionen /dev/dvd und /dev/cdrom auf deinem System nicht funktionieren.

Wenn du von einer DVD encodierst, ist es oft wünschenswert, ein zu encodierendes Kapitel oder einen Bereich von Kapiteln auszuwählen. Du kannst zu diesem Zweck die Option -chapter nutzen. Zum Beispiel wird -chapter 1-4 nur die Kapitel 1 bis 4 der DVD encodieren. Dies ist besonders nützlich, wenn du eine für zwei CDs bestimmte Encodierung mit 1400 MB durchführen willst, da du sicherstellen kannst, dass die Unterbrechung exakt an den Kapitelgrenzen stattfindet, anstatt mitten in einer Szene.

Besitzt du eine unterstützte TV-Capture-Karte, kannst du auch von einem TV-In-Gerät encodieren. Verwende tv://Kanalnummer als Dateinamen und -tv zur Konfiguration der zahlreichen Aufnahmeeinstellungen. Der DVB-Input funktioniert ähnlich.