MEncoder peut encoder depuis un fichier ou directement depuis un DVD ou VCD. Il suffit simplement d'inclure le nom du fichier dans la ligne de commande pour encoder depuis un fichier ou avec l'option dvd://numerochapitre ou vcd://numéropiste pour encoder depuis un chapitre DVD ou une piste VCD. Si vous avez déjà copié le DVD sur votre disque dur (en utilisant par exemple un logiciel comme dvdbackup, généralement disponible sur la plupart des systèmes), et que vous souhaitez encoder depuis cette copie, vous devrez quand même utiliser la syntaxe dvd://, avec l'option -dvd-device pointant vers la racine du répertoire où se trouve le DVD copié Les options -dvd-device et -cdrom-device peuvent être aussi utilisées pour forcer le chemin vers le périphérique utilisé (ceux utilisés par défaut sont /dev/dvd et /dev/cdrom).

Pour un encodage depuis un DVD, il est souvent préférable de selectionner un ou plusieurs chapitres à encoder. Vous pouvez utiliser l'option -chapter prévu à cet effet. Par exemple, -chapter 1-4 encodera seulement les chapitres 1 à 4 du DVD. Ceci est particulièrement utile si vous voulez faire un encodage sur 2 Cds soit 1400Mo. Ceci permettant de couper votre film sur un chapitre et non au milieu d'une scène.

Si vous disposez d'une carte d'acquisition TV, vous pouvez sans soucis encoder le signal d'entrée. Utilisez l'option tv://NuméroChaine comme nom de fichier et l'option -tv afin de configurer les nombreux paramètres de captures. Les entrées DVB marchent sur le même principe.