MEncoder może kodoważ ze zbiorów lub bezpośrednio z dysku DVD lub VCD. Po prostu podaj nazwę zbioru w wierszu poleceń żeby kodować ze zbioru, albo dvd://numertytułu lub vcd://numerścieżki by nagrywać z tytułu DVD albo ścieżki VCD. Jeśli już skopiowałeś DVD na twardy dysk (możesz na przykład użyć narzędzia takiego jak dvdbackup, dostępnego na większości systemów), wciąż powinieneś używać składni dvd://, razem z opcją -dvd-device po której następuje ścieżka do skopiowanego DVD. Opcji -dvd-device i -cdrom-device możesz też używać by podać własne ścieżki do węzłów urządzeń, jeśli domyślne /dev/dvd i /dev/cdrom nie są właściwe w Twoim systemie.

Przy kodowaniu z DVD, często pożądanym jest wybranie do kodowania rozdziału lub zasięgu rozdziałów. Możesz w tym celu użyć opcji -chapters, na przykład -chapters 1-4 zakoduje z DVD tylko rozdziały od 1 do 4. Jest to zwłaszcza użyteczne gdy robisz kodowanie do wielkości 1400 MB, przeznaczone na 2 CD, ponieważ możesz się upewnić że przerwa nastąpi dokładnie na granicy rozdziałów a nie w środku sceny.

Jeśli masz obsługiwaną kartę przechwytywania TV, możesz też kodować z jej urządzenia wejściowego. Użyj opcji tv://numerkanału jako nazwy pliku, a opcją -tv skonfiguruj rozmaite ustawienia przechwytywania. Podobnie działa wejście z DVB.