La GUI abbisogna di GTK 1.2.x o GTK 2.0 (non è completamente in GTK, ma i pannelli lo sono), per cui le GTK (e le controparti di sviluppo, solitamente chiamate gtk-dev) devono essere installate. Puoi compilare la GUI specificando --enable-gui quando esegui ./configure. Poi, per girare in modalità GUI, devi lanciare il binario gmplayer.

Siccome MPlayer non ha una skin inclusa, devi scaricarne una se vuoi usare la GUI. Vedi la pagina di download. Dovrebbe essere decompressa nella directory di sistema ($PREFIX/share/mplayer/skins) o dell'utente $HOME/.mplayer/skins. MPlayer di default cerca in questi percorsi una directory chiamata default, ma puoi usare l'opzione -skin nomeskin, o la voce skin=nomeskin nel file di configurazione, per utilizzare la skin nella directory */skins/nomeskin.